מדענים שותפים הם חוקרים ממוסדות אקדמיים ומכוני מחקר בישראל ובעולם, המבצעים את מחקריהם במכון במסגרת ביקורים קצרים או תקופתיים. למרות שאינם מדענים תושבים, רבים מהם משתלבים בפעילות השוטפת של המכון, משתפים פעולה עם קבוצות המחקר המקומיות, ופועלים בשיתוף עם המדענים התושבים. חלקם משמשים כמנחים לסטודנטים לתארים מתקדמים השוהים במכון כסטודנטים תושבים לאורך זמן. מדענים שותפים עושים שימוש מלא בתשתיות המחקר של המכון – כולל מעבדות, כלי שייט, מערכות ניסוי עם מי ים, ומרכז הצלילה המדעי. חלקם תורמים גם להוראה האקדמית, כמרכזי קורסים או כמרצים בקורסים הבין־אוניברסיטאיים הנערכים במכון. בנוסף, חלק מהמדענים השותפים משתתפים באופן פעיל בוועדות המרכזיות של המכון, לרבות ועדת ההוראה, ועדת הצלילה ווועדות נוספות. נוכחותם של מדענים שותפים מעשירה את תחומי המחקר המתבצעים במכון, ומחזקת את שיתופי הפעולה האקדמיים והבין־לאומיים של הקהילה המדעית הפועלת בו.